Le Conseil national des droits de l’Homme, en plus d’être une institution nationale des droits de l’Homme, est membre de plusieurs institutions constitutionnelles nationales, notamment : Le Conseil supérieur du pouvoir judiciaire (CSPJ), le Conseil économique, social et Environnemental (CESE), le Conseil de la communauté marocaine à l’Etranger (CCME), le Conseil national de la Presse (CNP), le Conseil national des langues et de la culture marocaine, la Commission du droit d’accès à l’Information (CDAI), Archives du Maroc, la Commission nationale sur droit international humanitaire (CNDIH), la Commission nationale chargée de la coordination des mesures de lutte et de prévention contre la traite des êtres humains (CNCLT), et enfin la Commission centrale du recensement relatif au service militaire.

Le CNDH et l’institution du Médiateur du Royaume ont signé, le 18 octobre 2021, une convention de coopération et de partenariat pour la protection et la promotion des droits de l’Homme. Cette convention vise à renforcer l’action commune en faveur de la consolidation de la culture de droit et de l’obligation et à consolider l’éducation aux droits de l’Homme et à la citoyenneté dans la pratique des droits, à même d’asseoir les fondements de la gouvernance dans la gestion administrative.

Une convention de partenariat a été signée, le 02 novembre 2023, entre le CNDH et la Rabita Mohammadia des Oulémas, la Délégation Générale à l’Administration Pénitentiaire et à la Réinsertion (DGAPR), le ministère délégué chargé du Budget, et la Fondation Mohammed VI pour la réinsertion des détenus, pour la création du Centre “Moussalaha”, avec pour objectif la réhabilitation et la réinsertion des détenus condamnés dans les affaires d’extrémisme et de terrorisme.
Cette convention vise à renforcer l’efficacité du partenariat institutionnel entre les parties signataires et l’ensemble des partenaires et acteurs institutionnels, à intensifier les efforts et à contribuer à la stratégie nationale de lutte contre l’extrémisme violent et le terrorisme.
En vertu de cet accord, le centre sera chargé des missions de lutte contre l’extrémisme violent, de réhabilitation et de réinsertion des détenus condamnés dans les affaires de terrorisme et d’extrémisme, en plus de piloter le programme de réhabilitation “Moussalaha” dans sa formule actuelle en vue de garantir sa pérennité et assurer le suivi et l’accompagnement des bénéficiaires après leur libération.

Le CNDH a signé, lors de la 27ème édition du Salon international de l’édition et du livre (SIEL), une convention de partenariat avec l’Institut Supérieur de l’Information et de la Communication (ISIC) pour la promotion des droits de l’Homme à travers la formation des journalistes et des professionnels des médias au Maroc en droits humains.
Cette convention s’articule autour de trois axes, à savoir :
La formation initiale des étudiants et la formation continue des journalistes professionnels dans les domaines des droits de l’Homme ;
L’organisation d’activités, de conférences et de débats pour la promotion de la culture des droits de l’Homme ;
L’encouragement de la production scientifique et académique dans le domaine des médias en sa relation avec les thématiques des droits humains.
Par la même occasion, un Prix d’excellence récompensant les meilleures œuvres portant sur les droits de l’Homme a été institué.

Le Conseil national des droits de l'Homme collabore avec les différents secteurs gouvernementaux aux niveaux national et régional. Dans ce cadre, le CNDH a adressé, après l'investiture du nouveau gouvernement suite aux élections de 2021, un mémorandum à l'attention du chef du gouvernement en octobre 2021, contenant des propositions et recommandations pour le renforcement de l'effectivité des droits et libertés dans les politiques publiques. A cet égard, la Présidente du Conseil a tenu une rencontre avec le chef du gouvernement à l'occasion de sa nomination par SM le Roi.
Conformément à l'article 35 de la loi n° 76-15 relative réorganisation du CNDH, le Conseil veille à transmettre au chef du gouvernement une copie de ses rapports annuels sur la situation des droits de l'Homme. Le CNDH aspire à ce que les contenus de ses rapports puissent constituer un mécanisme à même d'attirer l'attention du gouvernement et des pouvoirs publics concernés sur les violations susceptibles de porter atteinte aux droits et libertés.  Dans ce sens, le Conseil appelle le gouvernement à les traiter, conformément aux engagements nationaux et internationaux du Royaume, et la mise en oeuvre des recommandations relevant de leurs compétences.

Le Conseil national des droits de l’Homme et la Direction générale de la Sûreté nationale et de la Surveillance du territoire DGSN/DGST, ont signé, mercredi 14 septembre 2022 à Rabat, une convention-cadre de partenariat et de coopération institutionnelle portant sur la formation et le renforcement du respect des droits humains dans l'exercice de la fonction policière.
Cette convention, qui jette les jalons d'une coopération institutionnelle durable, vise à développer l'action commune entre le CNDH et les services de la DGSN/DGST en vue de promouvoir la culture des droits humains dans le cursus de formations et de stages des policiers et en faire une référence et un guide encadrant les missions des fonctionnaires de la sûreté nationale en charge de l'application de la loi. Elle vise aussi à soutenir les efforts déployés par l'institution de sûreté pour promouvoir des pratiques professionnelles et des interventions de terrain basées sur les normes nationales et internationales en matière des droits humains.
Les domaines de cette coopération, qui sont ouverts sur toutes les initiatives et projets futurs prometteurs, englobent l'organisation de sessions et programmes de formation pour renforcer les connaissances et compétences dans les domaines des droits humains en faveur des cadre et fonctionnaires de la sûreté nationale, tout en permettant de bénéficier de l’expertise et des références ayant trait aux droits, aux libertés et activités institutionnelles, en plus de la consolidation de la dimension des droits de l'homme en tant que pilier essentiel dans les programmes de formation de policiers et dans l'ensemble des pratiques relatives à cette fonction.

Le Conseil national des droits de l’Homme (CNDH) et le ministère de l'éducation nationale, de la formation professionnelle, de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique ont signé, jeudi 04 février 2021 à Rabat, une convention cadre de coopération et de partenariat avec pour la promotion des valeurs des droits de l’Homme dans la sphère scolaire et universitaire.
Cette convention vise le renforcement de la coopération et du partenariat entre les académies régionales de l’éducation et de la formation (AREF), les universités et les commissions régionales des droits de l’Homme dans le domaine de la promotion des droits de l’Homme, afin de promouvoir la culture des droits de l’Homme, de l’égalité et de la lutte contre la discrimination, tout en promouvant les travaux de terrain.
Les domaines de partenariat et de coopération s’articulent autour  du partage d’expériences et d'expertises entre le ministère et le Conseil pour l’ancrage des valeurs des droits de l’Homme et de citoyenneté, l’encouragement des initiatives visant à promouvoir la culture des droits de l’Homme, la formation de cadres marocains et étrangers dans le domaine des droits de l’Homme ou encore la promotion des principes des droits de l’Homme, de tolérance et de dialogue dans la sphère scolaire et universitaire.

Dans le cadre de la mise en œuvre de la stratégie nationale sur les droits humains et VIH/sida, les relations de coopération et de partenariat entre le CNDH et le ministère de la santé, dans le domaine de l’effectivité des droits des personnes vivant avec le VIH, sont passées par plusieurs périodes, notamment : la première allant de 2013 à 2017 et la seconde période allant de 2019 à 2021 qui a été prolongée jusqu’à 2023.
Dans le cadre du lancement du premier plan stratégique national intégré sur les droits de l’Homme liés au VIH, à la tuberculose et aux hépatites virales, une convention de partenariat a été scellée, le 04 décembre 2023, entre le CNDH et le ministère de la santé et de la protection sociale, couvrant la période 2024-2030, ayant pour objectif de protéger les droits humains et réduire la stigmatisation, la discrimination et les inégalités envers les personnes touchées.

Dans le cadre de la relation liant le Conseil national des droits de l’Homme avec les différents secteurs gouvernementaux, le CNDH a signé, le 19 décembre 2022, une convention de partenariat avec le ministère de la solidarité, de l’insertion sociale et de la famille, visant à :
La protection juridique, l’éducation, la formation, l’appui et la protection des catégories vulnérables, y compris la protection des droits des femmes et des filles ;
Le renforcement des capacités des responsables du pôle social dans les domaines des droits de l’Homme, et la coopération entre le gouvernement et le mécanisme national de protection des personnes en situation de handicap. Etc.

La société civile et les défenseurs des droits de l'Homme constituent une composante essentielle de la composition du Conseil national des droits de l'Homme et ses commissions régionales. Dans ce sens, le CNDH interagit avec la société civile et veille à l’intégrer dans toutes ses initiatives et activités. Le CNDH veille également à l'appui des associations de la société civile, et organise, à cet effet, des sessions de formation en leur faveur dans les domaines en relation avec la violence basée sur le genre, la protection des défenseurs des droits de l'Homme et le système international des droits de l'Homme. Le CNDH et ses commissions régionales contribuent, également, à l’encadrement de plusieurs conférences et journées d’étude organisées par les associations de la société civile dans toutes les régions du Royaume. A cet égard, Le Conseil national des droits de l'Homme et l'Institut Prometheus pour la démocratie et les droits humains ont signé, le 08 avril 2021 à Rabat, un accord de coopération et de partenariat visant à consolider les valeurs de citoyenneté et à enrichir la réflexion dans le domaine des droits de l'Homme. Cet accord a pour objectif d'établir des mécanismes de coopération entre les deux parties, afin de consolider les valeurs de citoyenneté et d'enrichir la réflexion dans le domaine des droits de l'Homme, et de promouvoir des initiatives visant à diffuser la culture des droits de l'Homme et l'action y afférente, en particulier dans l'espace scolaire et universitaire, et la diffusion de la culture de la tolérance et du débat pacifique par une approche participative, ainsi que l'encouragement et le soutien des activités liées au domaine des droits de l'Homme. Dans la même optique, le CNDH a signé un accord de partenariat avec le collectif pour la promotion des droits des personnes en situation de handicap, visant à promouvoir les droits de cette catégorie.