يواصل المجلس الوطني لحقوق الإنسان التعاون والتنسيق والتفاعل مع منظومة الأمم المتحدة بما في ذلك هيئات المعاهدات ومجلس حقوق الإنسان وآلية الاستعراض الدوري الشامل والإجراءات الخاصة والمفوضية السامية لحقوق الإنسان والوكالات الأممية المعتمدة في المغرب. كما أن اعتماده في الدرجة ألف من قبل التحالف العالمي يخول له المشاركة في آليات الأمم المتحدة بصفته مؤسسة مستقلة تمتثل للمعايير الدول، وخاصة مبادئ باريس.
ويذكر أن المغرب صادق إلى حدود الآن على 15 صكا دوليا لحقوق الإنسان من مجموع الصكوك البالغ عددها 18 صكا، وفي هذا الإطار يعمل المجلس على تشجيع الحكومة على مواصلة مصادقة المملكة على باقي الصكوك.
ويقدم المجلس كذلك بانتظام تقاريره الموازية للمنظومة الدولية لحقوق الإنسان بما في ذلك آلية الاستعراض الدوري الشامل والهيئات المنشأة بموجب المعاهدات: لجنة مناهضة التعذيب، ولجنة حقوق الطفل، ولجنة الحقوق الاقتصادية والاجتماعية والثقافية، واللجنة المعنية بحقوق الأشخاص ذوي الإعاقة، اللجنة المعنية بحقوق الإنسان، لجنة القضاء علي التمييز، اللجنة المعنية بالقضاء علي التمييز ضد المرأة، اللجنة المعنية بالعمال المهاجرين، اللجنة المعنية بحالات الاختفاء القسري.
كما يساهم المجلس في إعداد التقارير الوطنية المقدمة إلى مختلف الهيئات الأممية المنشأة بموجب معاهدات صادق عليها المغرب وآلية الاستعراض الدوري الشامل من خلال التعليق على مسودة التقارير والمشاركة في اللقاءات التشاورية التي تعقدها الحكومة بهذا الخصوص.
ويتفاعل المجلس مع المكلفين بولايات في إطار الإجراءات الخاصة من خلال عقد لقاءات عمل معهم أثناء زيارتهم للمغرب كما يقدم مداخلات بمناسبة عرضهم لتقارير موضوعاتية أو قطرية أمام مجلس حقوق الإنسان التابع للأمم المتحدة.
تجدر الإشارة كذلك إلى أن أعضاء سابقين أو حاليين في المجلس يمثلون المغرب في منظومة الأمم المتحدة كخبراء أعضاء في الهيئات المنشأة بموجب معاهدات.